Quando nel 1314, Filippo il Bello, re di Francia, decise di risolvere il problema dei debiti del suo Regno, eliminando fisicamente i creditori, ovvero lo stesso Ordine dei Templari, venne fuori per la prima volta nella storia, sui verbali dei processi, il termine Baphomet.
Essendo un nome estorto sotto tortura durante gli interrogatori dei Templari, non si può escludere che possa essere stato originato semplicemente come un’onomatopea o un errore di trascrizione dei verbali; la presenza del baphomet fu utilizzata dagli inquisitori, istigati dal re di Francia, per aggiungere l’idolatria alle altre infamanti accuse nei confronti dell’Ordine, allo scopo di distruggerlo.

Sull’origine del misterioso termine sono, in ogni caso, state elaborate numerose teorie, nessuna delle quali provata:

1 -  Una deformazione latinizzata di Mahomet, una versione medievale europea di Maometto, il nome del profeta dell’Islam. Era possibile che durante la militanza in terra di Palestina, alcuni componenti fossero entrati in contatto con il culto islamico.
2 – Idries Shah propose che Baphomet deriverebbe dalla parola araba ابو فهمة Abu fihamat, con il significato di “padre dell’ignoto”, e associato con il sufismo.
3 – Levi propose che il termine fosse composto da una serie di abbreviazioni: “Tem. ohp. ab”. che prendono origine dal latino Templi omnium hominum pacis abhas, con il significato di “padre della pace universale tra gli uomini”. Una lettura alternativa potrebbe essere tem. o. h. p. ab. per templi omnium hominum pacis abbas. La traduzione in questo caso è abate del tempio della pace dell’umanità, forse in riferimento ai Templari stessi.
4 -  Dalle parole greche Baphe e Metis. Le due parole insieme significherebbero “battesimo di saggezza”, anche interpretabili come “tintura di saggezza”
5 – Una corruzione del termine ebraico Behemoth[5] (letteralmente “Bestie”, pluralis maiestatis di “behemah”), citata nel libro biblico di Giobbe
6 – L’ultima teoria è forse quella più affascinante, soprattutto se ricollegata alle ultime ipotesi fatte sulla vera origine del Santo Graal. Il termine baphomet, se tradotto secondo il cifrario di Atbash, determina la parola Sophia, Saggezza. Si è ipotizzato, a tal proposito, che i Templari riconoscero la divinità della Dea della Saggezza, e che questa avesse un ruole molto più rilevante dello stesso Gesù. Questa dottrina si riallaccerebbe al culto degli Gnostici, di cui negli ultimi anni sono stati pubblicati diversi vangeli. Secondo questo culto era probabile che fosse Maria Maddalena la portatrice del Graal, in quanto reincarnazione delle Dea della Saggezza, o come direbbero gli gnostici della Gnosis, ovvero della Conoscenza. Ad ogni modo, questa condizione, lo gnosticismo, sarebbe stata anch’essa sufficiente per l’accusa di Eresia che fu mossa ai Templari da Filippo il Bello.